1)存在一定程度的入口障碍。一方面，微信用户要使用微信小程序很难一下子找到登录界面;另一方面，用户在进入微信小程序之后需要先登录微信，并且通过扫描线下二维码去进入，也就形成了程序与程序相互叠加的情况，就比如在使用中的微信小程序与微信聊天窗口存在“冲突”的现象，就像是在浏览器中再打开一个浏览器。虽然随着微信的更新，用户在主界面直接下拉便能找到微信小程序入口，但由于使用过的小程序众多，所以要精准到达小程序还需通过搜索栏进行搜索，而实际上用户对小程序的搜索行为极其有限。
2)用户体验未能达到预期值。在用户的预期设想中，微信小程序的出现能够将原本低频使用的有些App应用进行集中放置，如预定各类票务、旅游住宿等软件。而微信作为社交与交易平台，也具备实现这些功能基础与技术条件。然而实际上相较于将原生App放置在手机桌面来讲，微信小程序仅仅是将程序收纳在“收藏夹”中，再加上微信内置网页远不如原生App的打开速度，所以同樣会降低体验质量。
3)小程序开发者积极性不高。对于开发者来讲，微信小程序无法进行消息通知的推送，所以用户使用小程序则完全根据自身需求以及小程序自身优势去提高用户黏性，所以很大程度上会导致开发者处在被动状态。此外，由于微信公众号与小程序存在内在关联，所以开发者在运营公众号平台方面需要更进一步提升，才能确保订阅基数，让粉丝能够知晓小程序且愿意尝试使用。
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